El prototipo Ju-287B-1 estaba impulsado por cuatro motores Heinkel-Hith de 2866 lb de empuje cada uno y el modelo Ju-287B-2 tenia solo dos BMW-018 de 7700 lbs cada uno. Al final de la guerra los prototipos y el personal del equipo de desarrollo fueron trasladados a Rusia y continuaron los trabajos, donde volo en 1947.
A principios de 1945 el RLM resucito el proyecto Ju 287 V1 y ordeno su produccion en serie. La version operacional tenia grandes mejoras sobre el V1 original, con un nuevo fuselaje muy parecido al Ju 388, solamente se conservo el diseño del ala. El avion contaba con una cabina presurizada para una tripulacion de tres hombres, detras de la cual estaba colocada la bahia de bombas y los tanques de combustible. En la parte trasera se instalo una torreta defensiva armada con dos ametralladoras y operada a control remoto. La planta motriz estaria  constituida por cuatro motores BMW 109-018 turbojet con una potencia de 3.500kg, como estos motores no se encontraban disponibles, se colocaron seis motores BMW 109-003 en disposicion de cuatro bajo las alas y dos en la parte inferior de la cabina, denominandose el prototipo como Ju 287 V3. Existio una version denominada Ju 287S que estaba impulsada por dos motores Jumo 109-012 jet de 2.900kg en disposicion subalar, al final ninguno de llos fue construido.